教育部長吳茂昆於4月19日上任後，接連傳出赴美開公司、違法赴陸等爭議，行政院今天證實吳茂昆請辭獲准，任期至今天剛好41天，也是任期最短的教育部長。
不過，教育部官員表示，吳茂昆不會出面受訪，是否請辭消息由行政院說明。
前教育部長潘文忠因台大校長遴選案於4月中旬向行政院請辭，之後行政院宣布由中央研究院士吳茂昆接任教育部長。
吳茂昆是淡江大學物理系畢業，後取得美國休士頓大學物理學博士學位，曾任行政院國家科學委員會主任委員、東華大學校長等職，專長為超導物理與磁學，曾與中研院士朱經武發現世界第一個高於液態氮溫度超導體，被提名諾貝爾物理獎。
對於社會關注的台大校長遴選案，吳茂昆在上任後快速召開跨部會小組會議，經過2次小組會議後，於4月27日正式駁回台大校長遴選案結果。
但吳茂昆在擔任東華大學校長任內，曾傳出溢領教師獎助金、教師升等黑箱作業等爭議，吳茂昆雖以書面對外說明，澄清這些不實指控，自他上任後，教育團體和立法委員都曾對此提出質疑。
吳茂昆上任後，又傳出赴中國大陸活動、兼職等爭議，中國國民黨籍立法委員柯志恩等人在立法院教育文化委員會質詢時就質疑吳茂昆在東華大學校長任內違法在美國設立公司，吳茂昆在東華大學校長任內兼任陳水來文教基金會董事，也遭質疑違反「公務員服務法」，而吳茂昆在國科會主任任內赴中國大陸參加論壇，同樣被質疑違法赴陸。
除了這些爭議外，吳茂昆也被外界質疑屢次失言。吳茂昆4月29日受訪時，曾談及「學術沒有真正的民主」，雖然他事後解釋是因為學術界很多事情不能用投票決定，但有些人仍認為是失言；在5月中旬會考出闈記者會上，吳茂昆談到會考不只和升學有關，也許有一天會和工作連結，此番言論被認為和免試入學政策有出入，也引發教育團體批評。
全國教師工會總聯合會認為吳茂昆的爭議和言行，對教育的負面影響大，先於4月底發起「不接受、不忍受、不配合」的「3不運動」，之後又發起「518搶救教育部」行動，要求吳茂昆下台。
